Thành phố có thể được xem có thời gian hình thành năm 279 trước Công nguyên. Năm 765, thành phố Thác Đông (拓东) được thành lập.

Vào thế kỷ 13, Marco Polo đã đến đây và đã viết về vùng đất này trong nhật ký. Thành phố được hoàng đế nhà Nguyên đổi tên thành Côn Minh vào năm 1276.

Vào thế kỷ 14, Côn Minh được nhà Minh chiếm lại và cho xây một bức tường bao quanh thành phố Côn Minh ngày nay.

Vào thế kỷ 19, Côn Minh chịu sự kiểm soát của quân nổi loạn dưới sự lãnh đạo của Đỗ Văn Tú (杜文秀) vua của Đại Lý quốc từ 1858 đến 1868. Nhiều thập kỷ sau, Côn Minh bắt đầu chịu ảnh hưởng của phương Tây.